Jeśli powszechne towarzystwo emerytalne, w którego radzie nadzorczej członkiem jest prezes zarządu firmy audytorskiej przeprowadzającej badania ustawowe spółek, dla których towarzystwo to nie spełnia definicji jednostki powiązanej, o której mowa w art. 2 pkt 43 ustawy o rachunkowości, wtedy firma audytorska przeprowadzająca badania spółek portfelowych takiego towarzystwa nie narusza wymogów art. 69 ust. 9 pkt 5 ustawy o biegłych rewidentach. Należy zauważyć, że nie jest to jednak jedyny wymóg w zakresie niezależności jaki firma audytorska musi spełnić by być w pełni niezależną od jednostki badanej.

Zgodnie z wymogami niezależności, określonymi w art. 69 – 73 ustawy o biegłych rewidentach, firma audytorska powinna rozważyć czy sytuacja, w której prezes zarządu firmy audytorskiej, przeprowadzającej badania ustawowe spółek znajdujących się w portfelu inwestycyjnym powszechnego towarzystwa emerytalnego jest jednocześnie członkiem rady nadzorczej takiego towarzystwa, wpływa na niezależność firmy audytorskiej, członków zespołu wykonującego badanie czy też osób mogących wpłynąć na wynik badania. Jeśli powyższa relacja stwarza zagrożenie wystąpienia autokontroli działalności firmy audytorskiej (ang. „self-review"), działania w interesie własnym firmy audytorskiej (ang. „self-interest"), działania w interesie jednostki badanej, zażyłości lub zastraszenia - a obiektywna, racjonalna i poinformowana strona trzecia mogłaby dojść do wniosku, że pomimo zastosowania przez firmę audytorską zabezpieczeń zmierzających do wyeliminowania lub zredukowania zagrożenia do akceptowalnego poziomu - niezależność jest nadal zagrożona, wtedy taka firma audytorska nie powinna przeprowadzać badania spółek portfelowych, o których mowa powyżej.

Ocena stanu faktycznego, w tym zastosowanych przez firmę audytorską zabezpieczeń w celu zminimalizowania zagrożeń dla niezależności wraz z odpowiednim ich udokumentowaniem w ramach dokumentacji badania, należy do firmy audytorskiej i powinna być przez nią przeprowadzana przed przyjęciem lub kontynuacją zlecenia badania, zgodnie z wymogami art. 74 ustawy o biegłych rewidentach. Dodatkowo, w przypadku badań jednostek zainteresowania publicznego, przepisy art. 6 ust. 2 rozporządzenia UE nr 537/2014 wymagają również by zagrożenia dla niezależności badania i zabezpieczenia zastosowane w celu ograniczenia tych zagrożeń zostały omówione z komitetem audytu lub radą nadzorczą pełniącą jej funkcje w badanej jednostce zainteresowania publicznego.