Przepisami nadrzędnymi dla JZP w zakresie powoływania firmy audytorskiej są przepisy rozporządzenia UE nr 537/2014. Ustawa o biegłych rewidentach oraz niektóre przepisy ustawy o rachunkowości wdrażają do porządku polskiego dyrektywę 2006/43/WE zmienioną dyrektywą 2014/56/UE oraz służą stosowaniu rozporządzenia UE nr 537/2014. Natomiast przepisy ustawy z dnia 29 stycznia 2004 roku - Prawo zamówień publicznych (dalej: ustawa PZP) mają zastosowanie w procesie wyboru firmy audytorskiej przez JZP, podlegające ustawie PZP, w zakresie w jakim nie stoją one w sprzeczności z ww. rozporządzeniem.

Zgodnie z art. 66 ust. 4 ustawy o rachunkowości wyboru (powołania) firmy audytorskiej przeprowadzającej badanie ustawowe JZP dokonuje organ zatwierdzający sprawozdanie finansowe JZP lub inny organ wskazany w statucie, umowie lub innych wiążących JZP przepisach prawa. Wyboru (powołania) takiego nie może dokonać kierownik JZP. Kierownik jednostki zobowiązany jest do zawarcia umowy o badanie ustawowe, stanowiącej realizację postanowień zawartych w uchwale organu dokonującego wyboru (powołania) firmy audytorskiej. W zależności od tego jaki organ JZP dokonuje ww. wyboru (powołania) firmy audytorskiej do przeprowadzenia badania ustawowego JZP, takie inne przepisy szczegółowe w tym zakresie stosuje JZP. Są to odpowiednio albo przepisy art. 16 ust. 3 rozporządzenia (gdy wyboru dokonuje organ zatwierdzający sprawozdanie finansowe) albo przepisy art. 130 ust. 2 i 3 ustawy o biegłych rewidentach (gdy wyboru dokonuje organ inny niż organ zatwierdzający sprawozdanie finansowe). Zarówno zgodnie z art. 16 ust. 3 rozporządzenia UE nr 537/2014, jak i zgodnie z art. 130 ustawy o biegłych rewidentach za procedurę wyboru firmy audytorskiej przez JZP jest odpowiedzialny komitet audytu JZP.

Jeśli mamy do czynienia z wyborem dotychczasowej firmy audytorskiej badającej JZP (tj. z przedłużeniem umowy o badanie ustawowe) - rekomendacja komitetu audytu zawiera wskazanie jednej firmy audytorskiej, której komitet audytu proponuje powierzyć badanie ustawowe. Jeśli natomiast wybór firmy audytorskiej nie dotyczy przedłużenia umowy o badanie (tj. dokonywany jest wybór nowej firmy audytorskiej – np. w związku z obowiązkiem zmiany firmy audytorskiej po upływie 10 letniego okresu maksymalnego zatrudnienia) – rekomendacja komitetu audytu JZP powinna zawierać przynajmniej dwie możliwości wyboru firmy audytorskiej wraz z uzasadnieniem oraz wskazanie uzasadnionej preferencji wobec jednej z nich. Rekomendacja komitetu audytu JZP wydawana jest wtedy w następstwie procedury wyboru, zorganizowanej przez badaną JZP, spełniającej kryteria określone odpowiednio w art. 16 ust. 3 rozporządzenia UE nr 537/2014 lub w art. 130 ust. 3 pkt 2 ustawy o biegłych rewidentach.

Należy zwrócić uwagę, że przepisy art. 16 ust. 3 rozporządzenia UE nr 537/2014 jak i przepisy art. 130 ust. 3 pkt 2 ustawy o biegłych rewidentach wymagają by to badana JZP (np. przy udziale kierownika jednostki lub specjalnej komisji przetargowej, o których mowa w ustawie PZP) zapewniła by proces wyboru firmy audytorskiej przeprowadzany był w oparciu o zasady równego traktowania, uczciwej konkurencji i przejrzystości jak również zapewniona była swoboda określenia procedury wyboru przez komitet audytu. Ponadto konieczne jest sporządzenie przez badaną JZP (np. przy udziale kierownika jednostki lub specjalnej komisji przetargowej, o których mowa w ustawie PZP) sprawozdania zawierającego wnioski z przeprowadzonej procedury wyboru, które podlega zatwierdzeniu przez komitet audytu. Należy zatem zauważyć, że to wnioski z przeprowadzonej przez badaną JZP procedury wyboru (uwzględniającej również wymogi ustawy PZP w zakresie w jakim nie są sprzeczne z wymogami rozporządzenia UE nr 537/2014) stanowić będą podstawę rekomendacji wydawanej przez komitet audytu w zakresie wyboru firmy audytorskiej do przeprowadzenia badania ustawowego JZP.

Zgodnie z wyjaśnieniami Komisji Europejskiej w zakresie stosowania przepisów art. 16 rozporządzenia UE nr 537/2014 oraz analogicznych przepisów ustawy o biegłych rewidentach, w sytuacji, gdy w odpowiedzi na zapytanie JZP wpłynie oferta tylko jednej firmy audytorskiej, komitet audytu powinien poszukać na rynku alternatywnych kandydatów do przeprowadzenia badania ustawowego takiej JZP i skontaktować się z nimi bezpośrednio. Jeśli w następstwie podjętych przez komitet audytu uzupełniających poszukiwań dodatkowej firmy audytorskiej nie będzie możliwe wskazanie w rekomendacji drugiego kandydata do przeprowadzenia badania ustawowego (wymóg obowiązuje gdy wybierana jest nowa firma audytorska) wtedy w rekomendacji komitetu audytu należy zamieścić informację o podjętych przez komitet audytu działaniach zmierzających do znalezienia alternatywnego kandydata.

Komitet audytu powinien zapewnić by procedura wyboru, za którą odpowiada, była tak przygotowana by w wyniku procesu wyboru firmy audytorskiej przeprowadzonego w oparciu o tę procedurę wybrana została firma audytorska spełniająca wszystkie wymogi rozporządzenia (np. również te dotyczące zakazu świadczenia usług innych niż badania).