Zgodnie z art. 18 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych agencja wykonawcza jest państwową osobą prawną tworzoną na podstawie odrębnej ustawy w celu realizacji zadań państwa.

Agencja wykonawcza zobowiązana jest – na mocy art. 22 ww. ustawy – corocznie wpłacać do budżetu państwa, na rachunek bieżący dochodów państwowej jednostki budżetowej obsługującej ministra sprawującego nadzór nad tą agencją, nadwyżkę środków finansowych ustaloną na koniec roku, pozostającą po uregulowaniu zobowiązań podatkowych. Nadwyżkę agencja wykonawcza przekazuje niezwłocznie po uregulowaniu zobowiązań wymagalnych z okresu sprawozdawczego, nie później jednak niż do dnia 30 czerwca roku następującego po roku, w którym nadwyżka powstała.

W szczególnie uzasadnionych przypadkach wynikających z konieczności zapewnienia sprawnego i pełnego wykonywania zadań agencji wykonawczej Rada Ministrów może, na wniosek ministra sprawującego nadzór nad agencją wykonawczą, wyrazić zgodę, w formie uchwały, na niewpłacenie ww. nadwyżki (art. 22 ust. 3 ww. ustawy).
W oparciu o delegację ustawową zawartą w art. 22 ust. 4 ww. ustawy minister sprawujący nadzór nad agencją wykonawczą w porozumieniu z Ministrem Finansów określił dla każdej agencji osobno – w drodze rozporządzenia – sposób ustalania nadwyżki, uwzględniając potrzebę zapewnienia ciągłości finansowania zadań agencji, dokonywania inwestycji niezbędnych do wykonywania zadań państwa oraz mając na względzie źródła finansowania zadań realizowanych przez agencję.

Agencje wykonawcze – jako państwowe osoby prawne – zobowiązane są do prowadzenia ksiąg rachunkowych i sporządzania sprawozdań finansowych zgodnie z zasadami określonymi w ustawie z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości, z uwzględnieniem zasad wynikających z ustawy o finansach publicznych oraz ustaw powołujących te agencje.

Z uwagi na fakt, iż nadwyżka środków finansowych ustalana jest przez agencje wykonawcze na koniec roku, to należałoby ją traktować – w świetle przepisów o rachunkowości – jako obowiązkowe obciążenie wyniku finansowego oraz wykazywać w sprawozdaniu finansowym w pozycji P. rachunku zysków i strat (wariant kalkulacyjny) lub pozycji M. rachunku zysków i strat (wariant porównawczy).