Podstawą kalkulacji opłat z tytułu nadzoru, o których mowa w art. 55 ust. 1 i art. 56 ust. 1 ustawy o biegłych rewidentach są przychody z tytułu wykonywania czynności rewizji finansowej odpowiednio w jednostkach zainteresowania publicznego oraz w jednostkach innych niż jednostki zainteresowania publicznego, osiągnięte w danym roku kalendarzowym, za który uiszczane są opłaty z tytułu nadzoru, przez firmę audytorską będącą stroną umowy o przeprowadzenie takich czynności, zawartej pomiędzy taką firmą audytorską a jednostką gospodarczą zlecającą ich wykonanie.

Do ww. przychodów z tytułu wykonywania czynności rewizji finansowej należy zaliczyć wynagrodzenie za usługę (określone w umowie), które może zostać wyliczone z uwzględnieniem szacowanych kosztów bezpośrednio związanych z realizacją umowy, takich jak koszty podróży, zakwaterowania i wyżywienia zespołu zaangażowanego do wykonania usługi oraz koszty przesyłek i tłumaczeń. Jeśli wartość kosztów bezpośrednio związanych z realizacją umowy, nie zostanie ujęta w cenie usługi, określonej w umowie, powinna być ona pomimo to uwzględniona w podstawie wyliczenia opłaty rocznej z tytułu nadzoru.

W związku z powyższym każda firma audytorska, która w wynagrodzeniu za badanie (lub inne czynności rewizji finansowej) nie ujmuje marży na pokrycie kosztów bezpośrednio związanych z realizacją usługi, powinna tak prowadzić ewidencję księgową, aby pozwalała ona na łatwą identyfikację wartości kosztów refakturowanych na klientów w celu odpowiedniego ujęcia w podstawie wyliczenia opłaty z tytułu nadzoru.

Podwykonawcy, o których mowa w art. 48 ust. 2 ustawy o biegłych rewidentach lub firmy audytorskie wykonujące na zlecenie innej firmy audytorskiej (w całości lub tylko niektóre) czynności rewizji finansowej inne niż badanie nie uiszczają opłaty z tytułu nadzoru od przychodów osiągniętych z tytułu wykonywania usług powierzonych im do realizacji przez inne firmy audytorskie. Opłaty te uiszczane są przez firmy audytorskie ponoszące ostateczną odpowiedzialność za realizację zlecenia, będące bezpośrednią stroną umowy z klientem zlecającym ich wykonanie.

Jednakże, zgodnie z art. 48 ust. 4 ustawy o biegłych rewidentach, w celu właściwej realizacji przez Krajową Komisję Nadzoru lub Komisję Nadzoru Audytowego, przysługujących im uprawnień kontrolnych, o których mowa odpowiednio w art. 36-39, art. 41, art. 106 i art. 124 ustawy o biegłych rewidentach, w zakresie wykonywanych w związku z badaniem czynności na rzecz firmy audytorskiej oraz sporządzanych w związku z tymi czynnościami dokumentów – firmy audytorskie będące podwykonawcami lub wykonujące czynności na zlecenie innej firmy audytorskiej oraz firmy audytorskie bezpośrednio odpowiedzialne za realizację zleceń wobec ich klientów, powinny tak prowadzić ewidencję księgową, aby pozwalała ona na łatwą identyfikację wartości przychodów/wynagrodzeń osiągniętych/wypłaconych (z uwzględnieniem kosztów refakturowanych) w celu odpowiedniego ujęcia przychodów w podstawie wyliczenia opłaty z tytułu nadzoru.