W latach 1997 – 1999 minister ochrony środowiska, zasobów naturalnych i leśnictwa w rządzie Jerzego Buzka, w latach 2005 – 2007 minister środowiska w rządzie Kazimierza Marcinkiewicza i Jarosława Kaczyńskiego, w latach 2015 -2018 minister środowiska w rządzie Beaty Szydło oraz Mateusza Morawieckiego. W latach 1999-2000 był prezydentem Konwencji Klimatycznej ONZ. Od 2005 roku był posłem na Sejm RP.

Z ogromnym smutkiem przyjąłem wiadomość o śmieci profesora Jana Szyszko, był to człowiek niezwykle oddany Polsce i sprawom ochrony środowiska. Wybitny naukowiec, były minister środowiska, poseł ale przede wszystkim bardzo ciepły i dobry człowiek. Profesor był wielkim znawcą i pasjonatem przyrody, poświęcił jej swoje życie i pracę zarówno jako polityk jak i naukowiec. Jego rodzinie oraz najbliższym składam wyrazy głębokiego współczucia – powiedział minister Henryk Kowalczyk

Jan Szyszko z ochroną środowiska związał całą swoją karierę naukową. Jest autorem ponad 250 książek, prac i publikacji naukowych z zakresu użytkowania zasobów przyrodniczych i ekologii. Od lat był związany ze Szkołą Główną Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie. W 1966 roku ukończył Wydział Leśny na tej uczelni i tam też zdobywał kolejne tytuły naukowe. Od 2001 roku był profesorem zwyczajnym nauk leśnych. Był stypendystą uniwersytetów w Belgii, Holandii i Niemczech. Posiadał tytuł doktora honoris causa uniwersytetów w Luneburgu (Niemcy) i Użgorod (Ukraina). Współtworzył Samodzielną Pracownię Oceny i Wyceny Zasobów Przyrodniczych. Założył też Międzyuczelniane Studium Oceny i Wyceny Zasobów Przyrodniczych Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego i Szkoły Głównej Handlowej. Wykładał w Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego i Wyższej Szkole Kultury Społecznej i Medialnej w Toruniu. Był jednym z założycieli i prezesem Stowarzyszenia na Rzecz Zrównoważonego Rozwoju Polski.

Prywatnie profesor Jan Szyszko był mężem, ojcem i dziadkiem.