Zaspokojenie potrzeb społeczeństwa do korzystania z wody w przemyśle, rolnictwie, turystyce, rekreacji, zapotrzebowaniu ludności na wodę pitną itp. niesie za sobą konieczność zapewnienia odpowiedniej ilości i jakości jej zasobów. W Polsce zasoby te są szczuplejsze, niż średnia w Europie przypadająca na jednego mieszkańca, dlatego bardzo istotnym elementem zarządzania wodami jest ich ochrona poprzez skuteczne ograniczanie zanieczyszczeń oraz przywracanie jakości wód.
Podstawą dla działań, których celem jest zachowanie pełnej przydatności wód jako zasobu i elementu środowiska jest legislacja krajowa i unijna. W Polsce krajowym aktem prawnym regulującym zarządzanie wodami jest cytowana na wstępie ustawa z dnia 20 lipca 2017 r. Prawo wodne (Dz. U. 2017, poz. 1566). Polska wdraża także wymogi ustalone prawodawstwem unijnym. Ochrona wód obejmuje szeroki wachlarz zagadnień w odniesieniu do wód słodkich (powierzchniowych i podziemnych) oraz morskich. Działania skupiają się na realizacji dwóch najważniejszych wyzwań – ograniczaniu emisji oraz usuwaniu zanieczyszczeń oraz ich skutków.
Podstawą ustalenia działań ochronnych jest wiedza oparta o ocenę stanu wód, przeprowadzaną w ramach Państwowego Monitoringu Środowiska, realizowanego przez Inspekcję Ochrony Środowiska. Wyniki oceny determinują ustalenie celów środowiskowych dla poszczególnych części wód. Owe cele i przypisane ich realizacji działania sformułowane są w planach gospodarowania wodami na obszarach dorzeczy. Więcej informacji na ten temat można znaleźć na stronach Państwowego Gospodarstwa Wodnego Wody Polskie.
W Departamencie Gospodarki Wodnej i Żeglugi Śródlądowej skupiamy się na działaniach zmierzających do poprawy lub utrzymania dobrego stanu jakościowego i ilościowego wód. Działania dla wód powierzchniowych dotyczą poprawy lub utrzymania ich dobrego lub bardzo dobrego stanu ekologicznego (w przypadku, gdy mowa o wodach naturalnych) albo dobrego lub maksymalnego potencjału ekologicznego – w przypadku jednolitych części wód powierzchniowych sztucznych (powstałych w wyniku działalności człowieka) lub silnie zmienionych poprzez działalność człowieka. O stanie lub potencjale ekologicznym informują wyniki badań elementów biologicznych (np. fitoplanktonu czy fitobentosu) oraz elementów wspierających w określeniu stanu lub potencjału ekologicznego – elementów hydromorfologicznych (np. dynamika przepływu wody) i fizykochemicznych (np. określających warunki tlenowe wody czy warunki biogenne). Działania dla wód powierzchniowych dotyczą także utrzymania lub osiągnięcia dobrego stanu chemicznego. Z dobrym stanem chemicznym wód powierzchniowych mamy do czynienia w przypadku, gdy nie ulegają w nich przekroczeniu wyznaczone, na poziomie europejskim, wartości środowiskowych norm jakości badanych substancji priorytetowych w dziedzinie polityki wodnej – m.in. metali ciężkich i trwałych zanieczyszczeń organicznych. Działania dla wód podziemnych skupiają się na osiągnięciu lub utrzymaniu przez nie dobrego stanu ilościowego i chemicznego (badane są stężenia metali ciężkich i trwałych zanieczyszczeń organicznych). Osiągnięcie lub utrzymanie jednolitych części wód w dobrym stanie wpisuje się w osiągnięcie celów środowiskowych zgodnych z Ramową Dyrektywą Wodną.
Ograniczenie eutrofizacji realizowane jest m.in. poprzez działania na rzecz ochrony wód przed azotanami oraz poprzez koordynację zadań z zakresu gospodarki ściekowej, w tymi koordynację realizacji Krajowego programu oczyszczania ścieków komunalnych.
Ochrona środowiska morskiego odbywa się poprzez koordynację i realizację Krajowego Programu Ochrony Wód Morskich oraz aktywne uczestnictwo w Strategii UE dla regionu Morza Bałtyckiego i współkoordynację Obszaru Tematycznego Biogeny tej Strategii.