Krzysztof Madaj jest absolwentem Wydziału Technologii i Inżynierii Chemicznej w Bydgoszczy na Akademii Techniczno-Rolniczej (obecnie Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy) o specjalności technolog inżynierii chemicznej. Ukończył studia podyplomowe w zakresie Public Relation na  Akademii Leona Koźmińskiego w Warszawie. Obecnie kontynuuje studia podyplomowe Executive Master of Business Administration w Szkole Głównej Menedżerskiej w Warszawie.

Od 2005 roku związany z Zakładem Unieszkodliwiania Odpadów Promieniotwórczych (ZUOP). Od 2011 r. pełnił funkcję Kierownika Działu Składowania odpowiedzialnego za prawidłowe funkcjonowanie Krajowego Składowiska Odpadów Promieniotwórczych w Różanie. W 2015 roku objął stanowisko zastępcy dyrektora ZUOP. Odpowiadał za koordynowanie, planowanie i nadzorowanie postępowania
z odpadami promieniotwórczymi i wypalonym paliwem jądrowym w Zakładzie. Od początku pracy aktywnie zaangażowany w komunikację społeczną oraz edukację związaną z odpadami promieniotwórczymi, zwłaszcza w Różanie.

Posiada uprawnienia wydane przez Prezesa Państwowej Agencji Atomistyki wymagane na stanowiskach mających istotne znaczenie dla zapewnienia bezpieczeństwa jądrowego i ochrony radiologicznej, tj. kierownika zakładu unieszkodliwiania odpadów promieniotwórczych oraz kierownika składowiska odpadów promieniotwórczych.

Jest także członkiem Zespołu ds. opracowania i realizacji Krajowego Planu Postępowania z Odpadami i Wypalonym Paliwem Jądrowym oraz Stowarzyszenia Inspektorów Ochrony Radiologicznej.