Andrzej Milczanowski urodził się 26 maja 1939 r. w Równem na zachodniej Ukrainie. Był absolwentem Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. W latach 1968–1980 był radcą prawnym w przedsiębiorstwach komunalnych i rolnych.

Od 1978 r. zaangażował się w działalność opozycyjną. Do 1980 r. współpracował z KSS „KOR”, a od 1980 r. z NSZZ „Solidarność”. Od października 1980 r. był rozpracowywany operacyjnie przez funkcjonariuszy komunistycznych służb specjalnych. Po wprowadzeniu stanu wojennego uczestniczył w komitecie strajkowym w Stoczni Szczecińskiej im. Adolfa Warskiego. Po pacyfikacji strajku został aresztowany, a w marcu 1982 r. skazany na pięć lat pozbawienia wolności. Był objęty opieką Amnesty International jako więzień sumienia. Na wolność wyszedł wiosną 1984 r.

Andrzej Milczanowski był też zaangażowany w działalność podziemnej Solidarności. Przewodniczył Radzie Koordynacyjnej Pomorza Zachodniego, zasiadał w Tymczasowej Komisji Koordynacyjnej, a od 1987 r. w Krajowej Komisji Wykonawczej. W 1988 r. brał udział w komitetach strajkowych w zakładach pracy w Szczecinie. W grudniu 1988 otrzymał nagrodę Fundacji Paula Lauritzena z Kopenhagi, promującej osoby działających w obronie praw człowieka.

Od sierpnia 1990 r. do stycznia 1992 r. sprawował funkcję szefa Urzędu Ochrony Państwa. 11 lipca 1992 r. został powołany na stanowisko ministra spraw wewnętrznych, które zajmował do 22 grudnia 1995 r.