Sprawy wynikające ze stosunków pomiędzy Państwem a kościołami i innymi związkami wyznaniowymi należą do zadań Departamentu Wyznań Religijnych oraz Mniejszości Narodowych i Etnicznych.

Art. 25 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej wyznacza podstawowe zasady określające status prawny kościołów i innych związków wyznaniowych. Są to zasady:

1. równouprawnienia kościołów i innych związków wyznaniowych;
2. bezstronności władz publicznych w sprawach przekonań religijnych, światopoglądowych i filozoficznych oraz swobody ich wyrażania w życiu publicznym;
3. poszanowania autonomii i wzajemnej niezależności państwa oraz kościołów i innych związków wyznaniowych;
4. współdziałania państwa z kościołami i innymi związkami wyznaniowymi dla dobra człowieka i dobra wspólnego;
5. regulacji stosunków między państwem a kościołami i innymi związkami wyznaniowymi w drodze ustaw uchwalonych na podstawie umów dwustronnych zawartych pomiędzy Radą Ministrów a właściwymi przedstawicielami tych kościołów i innych związków wyznaniowych.

Zasady te zapewniają kościołom oraz innym związkom wyznaniowym swobodne i owocne realizowanie funkcji religijnych w społeczeństwie, możliwość zaspokajania potrzeb religijnych i rozwoju duchowego ich wyznawców.

Wyżej wymienione zasady ściśle łączą się z wolnością sumienia i wyznania, zagwarantowaną w art. 53 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej, z której wynika szereg uprawnień, zarówno dla jednostek, jak i dla kościołów i innych związków wyznaniowych. Konstytucja nie definiuje wolności sumienia, która jest wolnością wewnętrzną (psychiczną, uczuciową) jednostki. Obejmuje swoim zakresem uprawnienia do swobodnego wyboru, kształtowania czy zmiany światopoglądu, przekonań filozoficznych, religijnych, moralnych, obyczajowych. Urzeczywistnienie tych uprawnień może przejawiać się zarówno w formie działania, jak i określonej postawy. Norma konstytucyjna nie ustanawia, jedynie potwierdza wolność sumienia, bowiem sfera ta, pozostająca wewnętrzną (autonomiczną) sprawą jednostki, nie podlega kompetencji państwa. Zadaniem państwa jest jedynie równa ochrona podmiotów tej wolności.

Jednostka, wolna w swoich wyborach i postawach, ze swej natury dąży do uzewnętrzniania własnych myśli, poglądów czy przekonań, także w sprawach religii. Dlatego też Konstytucja w art. 53 ust. 2 bardziej szczegółowo reguluje wolność religii (wyznania), zapewniając jednostkom – w aspekcie pozytywnym – prawo do wyboru i uzewnętrzniania, indywidualnie lub z innymi, publicznie lub prywatnie, swojej religii, poprzez uprawianie kultu i modlitwę, uczestniczenie w obrzędach, praktykowanie i nauczanie; prawo osób wierzących do korzystania z posługi religijnej tam gdzie się znajdują; prawo rodziców do zapewnienia dzieciom wychowania i nauczania moralnego i religijnego zgodnie ze swoimi przekonaniami (art. 53 ust. 3 Konstytucji), z zastrzeżeniem art. 48 ust. 1 Konstytucji, który nakazuje uwzględniać wolność religijną dziecka; prawo do odmowy służby wojskowej ze względu na przekonania religijne (art. 85 ust. 3 Konstytucji). W aspekcie negatywnym wolność religii polega na zakazie zmuszania do uczestniczenia lub do nieuczestniczenia w praktykach religijnych oraz do ujawniania swojego światopoglądu, przekonań religijnych lub wyznania (art. 53 ust. 6 i 7 Konstytucji). Konstytucja wylicza przykładowe uprawnienia związane z działalnością kościołów i innych związków wyznaniowych, takie jak: prawo do organizowania obrzędów i uroczystości religijnych, posiadania świątyń i innych miejsc kultu (art. 53 ust. 2 Konstytucji), prawo kościołów i innych związków o uregulowanej sytuacji prawnej do nauczania religii w szkole (art. 53 ust. 4 Konstytucji), a także prawo do występowania ze skargami i wnioskami do Trybunału Konstytucyjnego (art. 79 i art. 191 Konstytucji).