Komórki organizacyjne Urzędu
- Biuro Prezesa
- Departament Farmakopei
- Departament Inspekcji Produktów Leczniczych i Wyrobów Medycznych
- Departament Prawny
- Departament Rejestracji Produktów Leczniczych
- Departament Zmian Porejestracyjnych i Rerejestracji Produktów Leczniczych
- Departament Oceny Dokumentacji Produktów Leczniczych
- Departament Badań Klinicznych Produktów Leczniczych
- Departament Rejestru i Importu Równoległego Produktów Leczniczych
- Departament Monitorowania Niepożądanych Działań Produktów Leczniczych
- Departament Informacji o Wyrobach Medycznych
- Departament Nadzoru i Badań Klinicznych Wyrobów Medycznych
- Departament Rejestracji i Oceny Dokumentacji Produktów Biobójczych
- Departament Informacji o Produktach Biobójczych oraz Wyrobach Poddanych Działaniu Produktów Biobójczych
- Departament Rejestracji i Badań Klinicznych Produktów Leczniczych Weterynaryjnych
- Departament Oceny Dokumentacji i Monitorowania Niepożądanych Działań Produktów Leczniczych Weterynaryjnych
- Biuro Dyrektora Generalnego
- Biuro Administracyjno - Gospodarcze
- Biuro Finansowo - Księgowe
- Biuro Organizacji i Jakości
- Biuro Informatyki
- Departament Współpracy Międzynarodowej
- Samodzielne Stanowisko do spraw Audytu Wewnętrznego i Kontroli